Auf der Fläche eines ehemaligen Militärgebiets entstand nach Jahren intensiver Planung und Konstruktion ein kompakter Regionalflughafen. Die feierliche Eröffnung war am 1. April 2013 - obwohl zu dieser Zeit das Terminal noch nicht fertiggesellt und nur Teilbereiche genutzt werden konnten. Dennoch konnte der Passagierbetrieb planmäßig beginnen. Der Flugplan bestand anfangs aus ausgewählen Warmwasserzielen, die von der unternehmenseigenen Charterfluggesellschaft European Wings bedient wurden. Nach kurzer Zeit kamen mit Ryanair, Air Berlin, Germanwings und Wizz Air weitere Airlines hinzu.

Mit einigen Monaten Verspätung konnte zum 3. Januar 2014 das neue Terminal feierlich eingeweiht werden. Gleichzeitig wurden Bauarbeiten auf dem Vorfeld abgeschlossen, die eine effektivere Platzaufteilung ermöglichen. Die Anzahl der Parkpositionen für Flugzeuge stieg damit auf elf Stück. Auch das Flugangebot wuchs gewaltig: Ryanair hat in Stralsund eine Basis errichtet und über den Sommer vier Maschinen stationiert. Unter dem Preisdruck der Konkurrenz brach der Stralsunder Urlaubsflieger "European Wings" zum Jahresende zusammen. Der Ableger "Stralsund Airways" blieb der Insolvenz verschont und konnte weiterhin Linienflüge nach München durchführen. Außerdem konnte der Flughafen nach zweimonatiger Probezeit als Vollmitglied in der UNIQ-Allianz, einer Kooperation aus Flughäfen und Airlines, aufgenommen werden.

Nach einem gescheiterten Sanierungskonzept musste Stralsund Airways im Sommer 2015 den Betrieb einstellen und der Geschäftsbetrieb wurde an Fluxair verkauft. Dafür wuchs die Infrastruktur am Airport. Auf dem südlichen Flügel wurde das moderne Logistikzentrum mit einer jährlichen Umschlagmenge von 150.000 t eröffnet. Nur kurze Zeit später wurde das Towergebäude abgerissen und neu errichtet. Der neue Tower ist ein freistehendes, 4-geschossiges Gebäude, welches mit einer Tower-Kanzel als einem „zusätzlichen Geschoß“ abschließt. Nach dem Verlust von Stralsund Airways musste der Flughafen 2015 eine Passagierdelle hinnehmen. Aufschwung brachte dann Wingjet, das mit bis zu zwei stationierten A320 Urlaubs- und Geschäftsreiseziele angeflogen und sich der harten Konkurrenz von Ryanair gestellt hat.

Gleich zu Jahresbeginn 2017 wurden Baupläne zur Sanierung der Feuerwache vorgestellt, die einen separaten Teil des Gebäudes zur Nutzung als GA-Terminal vorsehen. Außerdem sollte das Catering-Gebäude der Gategourmet mit einer neuen Fassade eingekleidet werden. Beide Projekte wurden bis zum Jahresende 2017 fertiggestellt. Zu diesem Zeitpunkt gab Ryanair bekannt, sich nach über vier Jahren Engagement aus Stralsund zurückzuziehen. Ohne Ryanair, die nach Passagierzahlen ehemals größte Airline in Stralsund, gingen im Jahr 2018 die Passagierzahlen um über 10% zurück. Im Oktober 2018 wurde die DMA-Group Zentrale direkt neben dem Terminal feierlich eröffnet. Hier befindet sich die Geschäftsstelle der DMA-Group sowie Niederlassungen von Aerodiaz und Suebica. Letztere hat Ende 2018 für Linienflüge in den Nord- und Ostseeraum sowie nach München eine Dash 8-300 in Stralsund stationiert.

Dank eines wirtschaftlichen Aufschwungs wurden im Frühjahr 2019 die bislang größten Umbaumaßnahmen am Flughafengelände durchgeführt.Das Terminalgebäude wurde saniert und um einen Anbau von vier Fluggastbrücken erweitert. Vier weitere Ausgänge sind in einem Nebengebäude entstanden, das über einen Skywalk mit dem Hauptterminal verbunden ist. Parallel wurde die Fläche des alten Cargo-Centers zur militärischen Nutzung freigegeben und mit Hardened Aircraft Shelter Hangars bebaut. Auch die BP Air AG hat ein neues Kerosinlager für die Betankungsdienste am Airport erhalten. Das über den Sommer wachsende Fluggastaufkommen erhielt Ende 2019 mit dem Weggang von Aerodiaz nach Augsburg einen Dämfer. Zeitgleich verlegte auch die DMA-Group, der Flughafen-Betreiber, seinen Sitz von Stralsund nach Augsburg. Als Folge der Covid-19 Pandemie wurde auch die Geschäftsstelle neben dem Terminal im Sommer 2020 geschlossen. Nur kurze Zeit später hat Gategourmet seine Niederlassung am Airport aufgegeben. 

Angekommen in der Gegenwart kämpft der Flughafen Stralsund mit den Folgen der Corona-Pandemie, die er in aller Härte zu spüren bekommt. Trotz massiver Aufwendungen in die Infrastruktur und zahlreichen Umbauten starten maximal drei Flieger pro Tag, das Engagement beschränkt sich auf zwei Airlines. Um den Betrieb am Airport nachhaltig zu sichern, wurde 2021 ein Antrag auf Anmeldung einer Betriebsbeihilfe für die kommenden fünf Jahre eingereicht. Mit einem am 04.02.2022 veröffentlichten Beschluss lehnte die Europäische Kommission weitere staatliche Betriebsbeihilfen für den Airport ab und begründete dies wie folgt: "Bei jedem Infrastrukturprojekt gilt es langfristig zu planen. Im vorliegenden Fall agierte der Airport jedoch bereits einige Jahre vor Pandemiebeginn wirtschaftlich defizitär, steht zudem in stetiger Konkurrenz mit Stralsund-Barth und dem Flughafen Rostock, ein verkehrspolitischer Nutzen durch die Anbindung der Region ist auch perspektivisch nicht zu erwarten.“

Infolgedessen wurde auf einer Pressekonferenz die Schließung des Flughafens zum 29.10.2022 bekannt gegeben. Dr. Reinhard Schulte, CEO der DMA-GroupAG, äußerte sich wie folgt: "Für uns ist das ein harter Schlag. Wir betreiben diesen Flughafen seit seiner Eröffnung vor fast zehn Jahren, sind mit der Region fest verwurzelt. Wir bedanken und bei der Stadt Stralsund, unseren langjährigen Partnern, Mitarbeitern und natürlich bei unseren Fluggästen.”